選擇頂空氣體分析儀時需要注意以下因素：
1. 檢測氣體的種類。當前所有的頂空氣體分析儀都能進行氧氣含量的檢測，但并非所有的設備都能檢測二氧化碳的含量。通過氧含量可以分析出產品當前的質量情況，但是無法判斷該產品未來的保質效果。因此，盡可能擴大可測氣體的種類是提高保質期預期準確性的一個有效方法。
2. 樣氣的體積。我們知道，隨著包裝小型化趨勢的發展，越來越多的獨立小包裝層出不窮，相應地包裝內氣體體積大大縮小。然而頂空氣體分析儀的探測器必須吸收足夠數量的測試氣體才能進行檢測，而且如果使用探針取樣，則探針的內容積以及連接設備的軟管體積也需要被考慮在內。測試氣體體積需求量大是傳統手持式頂空氣體分析儀的一個主要缺點，但是臺式設備可以通過直接進樣的方式來解決這個問題。
3. 系統響應時間。所有的頂空氣體分析儀都采用同樣的方式進行探針刺入處的密封，但是實際上在探針刺入之始周圍細小的泄漏也開始了，泄漏會“污染”包裝內的測試氣體，因此系統響應時間的長短對測試效果會有一定的影響。
4. 傳感器使用壽命。一般來講，頂空氣體分析儀的氣體傳感器始終處于測試氣體濃度下，受傳感器的測試原理以及氣體含量的影響，傳感器是有使用壽命的，而且無法延長，屆時只能更換傳感器，所以在選擇設備時也應注意傳感器的使用壽命。
5. 設備的便攜性以及數據輸出的方便性。如今，為了更好地檢測產品的實際質量，測試過程很可能不是在實驗室里完成的，則產品的便攜性在這里就體現出來了，便攜性好的設備可以隨檢測人員在倉庫、賣場、運輸途中、甚至是產品使用之前進行檢測，但是便攜性差的設備只能在實驗室中使用，在測試效率上也會有所降低。不過，目前便攜式頂空氣體分析儀多不具備測試結果的即時打印功能，盡管測試數據可以保存在設備中，但是如果檢測量很大的話還是容易引起混亂。
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